После смерти Тауекела ханский титул перешел к его младшему брату Есиму, который правил в 1598-1628 гг. Главной его целью было преобразование Казахской ханства в единое централизованное государство. Особое внимание хан Есим уделял укреплению военной мощи, наделив широкими военно-политическими полномочиями султанов и представителей знати. С именем Есима связано создание Уложения законов «Исконный путь хана Есима». Город Ташкент вошел в состав Казахского ханства период правления Есима. В начале XVII века усилились феодальные междоусобицы. На юге одновременно правили два хана Хан Есим сделал столицей Туркестан, а Турсун объявил себя ханом со ставкой в Ташкенте. Воспользовавшись внутренними распрями казахов, хан Бухары вторгся на земли Казахского ханства с целью вернуть города Ташкент, Сайрам и Андижан, изгнать казахов за Сырдарью. Казахско-бухарская война длилась более 20 лет (1603-1624 гг.). Бухарский хан признал свое поражение. Могулистан в XVI веке окончательно распался. Есим оказывал поддержку правителю Чалыша и Турфана хану Абд ар-Рахиму в его борьбе с находящимся у власти в Жаркенте и Кашгаре ханом Абаком, чтобы ослабить обоих. К активным военным действиям в Восточном Туркестане приступил младший брат Есима - султан Кошек. Политика хана Есима в отношении Восточного Туркестана была естественным продолжением политики хана Касыма Султан Турсун - сын султана Джалима Став популярным после победоносных войн против Узбекского ханства, Турсун провозгласил себя ханом и начал чеканить монетам Он дважды давал клятву верности хану Есиму, но оба раза нарушал ее. Его главной опорой был род катаган. Чтобы не давать поюда к кровопролитию среди единого народа, хан Есим признал самозванного хана Турсуна равноправным с собою правителем. В 1627 году Есим выступил в поход против калмыков (джунгар). В это время Турсун поднял мятеж, разграбил ставку хана Есима - Туркестан. В окрестностях Ташкенте состоялось сражение, Турсун был разгромлен. Хан Есим весь род катаган приговорил к уничтожению, этот род спасся среди уйгуров в Восточном Туркестане. Мятеж хана Турсуна в истории сохранился под названием «Катаганское побоище».